协助秘书长组织协调各部室间的工作和联系；负责拟定本会的各项工作制度、工作计划和工作考核；负责本会办事机构的人事、财务、文秘、资料档案、资产管理等工作；负责学会宣传、发展与管理个人会员和单位会员；负责本会各专业委员会的换届改选工作和新专业委员会的发展工作；负责接待、安全保卫及日常管理工作；负责微机的管理维护及行政后勤工作。

科 普 教 育 与 培 训 部（兼网站）：

制定和实施本部室工作计划； 负责药学科学技术等方面的普及与推广；编辑发行内部刊物；承担对会员、药学科技人员的培训及人才培养工作；负责本会继续教育项目和继续教育学分证书的管理工作；举办医药科技展览、信息发布等活动；负责拟定网络建设计划与实施方案；承担中国药学会和有关部门交办的继续教育工作。

学 术 交 流 与 技 术 咨 询 部：

制定和实施本部室工作计划；负责组织实施国际、国内学术交流及本会各专业委员会的学术活动计划；负责学术会议、论文证书的管理工作及优秀论文的评选工作；开展医药新产品、新技术的开发应用及新药研发的咨询工作；承担山东省科技进步奖（医药部分）和山东省药学科学技术奖评审的组织协调工作；负责中国药学科技奖的推荐工作；承担其他技术性评估、评审等工作。